Emerald Echoes é uma aventura narrativa de quebra-cabeças, com enigmas lindamente ilustrados e artefactos táteis. Através dos olhos de um investigador histórico, os jogadores desvendam a história de uma lendária alquimista e os seus companheiros. Contado em quatro capítulos, Emerald Echoes é uma sequela autónoma de The Emerald Flame.
Em cada capítulo, há uma coleção de itens não identificados, juntamente com uma série de pastas de quebra-cabeças verdes rotuladas numericamente na ordem em que devem ser resolvidas (1.1, 1.2, 1.3 e assim por diante). Existem treze pastas de quebra-cabeças no total. Há também algumas pastas azuis que não contêm quebra-cabeças, mas que devem ser abertas como parte da mesma sequência numérica para revelar mais partes da história.
Cada pasta verde contém pelo menos um documento escrito para investigar – este deve ser usado como ponto de partida à medida que se juntam os itens necessários para resolver o quebra-cabeças. Dentro de cada pasta de quebra-cabeças, há também um bolso com um cartão rotulado "Análise", apresentando dicas incrementais, bem como a solução, para cada quebra-cabeças.