Em Rats of Wistar, assumes o papel de uma das quatro ratazanas que organizaram a fuga de um laboratório. Como tal, terás de liderar a tua família para provar que és a mais apta a comandar toda a colónia. Graças às tuas habilidades extraordinárias, poderás explorar a Quinta até chegar à despensa para apanhar o queijo apetitoso; ao explorar os artefactos abandonados pelos humanos na borda do Bosque, criarás novas invenções e expandirás o teu ninho sob as árvores, escavando novas salas e construindo novas camas. Irás conhecer ratos e ratinhas nativos, que podes acolher na tua família, e, se necessário, visitar o Rato Alquimista para obter alguma vantagem extra.

O jogo decorre ao longo de 5 rondas (equivalentes aos 5 dias do desafio) e ganharás pontos de vitória (VPs) através de:
- Construção de camas
- Escavação de salas
- Cumprimento de missões na Quinta
- Acolher ratinhos convidados
- Construção de novas invenções
- Reivindicação de Conquistas

No final do jogo, vence o jogador com mais VPs. Em caso de empate, ganha o jogador que estiver mais à frente na ordem de jogo.