Emerald Echoes é uma aventura narrativa de puzzles, com enigmas lindamente ilustrados e artefatos tácteis. Através dos olhos de um investigador histórico, os jogadores descobrem a história de uma lendária alquimista e os seus companheiros. Contada ao longo de quatro capítulos, Emerald Echoes é uma sequência independente de The Emerald Flame.

Em cada capítulo, existe uma coleção de itens sem etiqueta, juntamente com uma série de pastas de puzzles verdes numeradas na ordem em que devem ser resolvidas (1.1, 1.2, 1.3, e assim por diante). Existem treze pastas de puzzles no total. Existem também algumas pastas azuis que não contêm puzzles, mas devem ser abertas como parte da mesma sequência numérica para revelar mais peças da história.

Cada pasta verde contém pelo menos um documento escrito para investigar — este deve ser usado como ponto de partida para descobrir quais itens são necessários para resolver o puzzle. Dentro de cada pasta de puzzle há também um bolso com um cartão rotulado “Análise”, que apresenta dicas incrementais, assim como a solução de cada puzzle.