En Rats of Wistar, juegas como una de las cuatro ratas que organizaron la fuga de un laboratorio. Como tal, deberás liderar a tu familia para demostrar que eres la más capaz de comandar toda la colonia. Gracias a tus habilidades extraordinarias, podrás explorar la Granja hasta llegar a la despensa y conseguir el queso apetitoso; al aprovechar los artefactos abandonados por los humanos al borde del Bosque, crearás nuevas invenciones y expandirás tu madriguera bajo los árboles, excavando nuevas habitaciones y construyendo nuevas camas. Conocerás ratas y ratones nativos que podrás acoger en tu familia, y cuando sea necesario, visitarás al Ratón Alquimista para obtener alguna ventaja extra.

El juego se desarrolla a lo largo de 5 rondas (equivalentes a los 5 días del desafío) y obtendrás puntos de victoria (VPs) mediante:
- Construcción de camas
- Excavación de habitaciones
- Cumplimiento de misiones en la Granja
- Acoger ratones invitados
- Construcción de nuevas invenciones
- Reclamación de Logros

Al final del juego, gana el jugador con más VPs. En caso de empate, gana el jugador que esté más adelante en el orden de juego.