Emerald Echoes es una aventura narrativa de acertijos, con rompecabezas bellamente ilustrados y artefactos táctiles. A través de los ojos de un investigador histórico, los jugadores descubren la historia de una legendaria alquimista y sus compañeros. Contada a lo largo de cuatro capítulos, Emerald Echoes es una secuela independiente de The Emerald Flame.

En cada capítulo, hay una colección de objetos sin etiquetar, junto con una serie de carpetas de acertijos verdes numeradas en el orden en que deben resolverse (1.1, 1.2, 1.3, y así sucesivamente). Hay trece carpetas de acertijos en total. También hay algunas carpetas azules que no contienen acertijos, pero que deben abrirse como parte de la misma secuencia numérica para revelar más piezas de la historia.

Cada carpeta verde contiene al menos un documento escrito para investigar — este debe usarse como punto de partida para averiguar qué objetos se necesitan para resolver el acertijo. Dentro de cada carpeta de acertijo hay también un bolsillo con una tarjeta etiquetada “Análisis”, que incluye pistas incrementales y la solución de cada acertijo.